Takashi Natsume dan teman rohnya, Madara, yang dijuluki "Nyanko," terus mengembalikan nama-nama roh dari Buku Teman yang diberikan oleh neneknya yang telah meninggal, Reiko Natsume.

Suatu hari, saat pulang sekolah, Takashi bertemu dengan roh yang bersembunyi bernama Monmonbou, yang mengingat kenangan tentang nenek Takashi setelah mendengar namanya. Rasa penasaran alami Takashi membawanya menjelajahi kota misterius tempat neneknya pernah tinggal. Dengan berteman dengan teman lama neneknya, Yorie Tsumura, dan putra Yorie, Mukuo, Takashi mengungkap lebih banyak tentang masa lalu neneknya.

Sementara itu, Nyanko menyimpang untuk mencari makanan dan secara tidak sengaja menemukan "Benih Roh" yang mencurigakan, yang secara ajaib tumbuh menjadi pohon buah dalam semalam. Tergoda, Nyanko memakan buah tersebut, yang membaginya menjadi tiga bagian. Untuk mencari solusi atas masalah Nyanko, Takashi dan teman-temannya membantu, tanpa disadari mengungkap lebih banyak rahasia yang tersembunyi di kota tersebut.

[Ditulis oleh MAL Rewrite]

Catatan: Sinopsis diterjemahkan secara otomatis oleh Google Translate.