Pokémon adalah makhluk menakjubkan yang hadir dalam berbagai jenis dan ukuran, dengan kemampuan, kekuatan, dan kepribadian yang tak kalah beragamnya. Dokter Yukinari Ookido telah mengabdikan hidupnya untuk mempelajari makhluk-makhluk menakjubkan ini, yang dapat ditangkap, dilatih, ditukar, dan diadu satu sama lain. Namun, ada batasan yang bisa dilakukannya dari laboratoriumnya. Dengan pertimbangan ini, Ookido mempercayakan dua anak laki-laki dengan Pokémon mereka sendiri dan ensiklopedia digital untuk mendokumentasikannya. Salah satunya, Green, adalah sosok yang berani, bersemangat, sedikit sombong, dan merupakan keponakan Dokter Ookido sendiri. Anak laki-laki lainnya, Red, sama bersemangatnya, dan dipenuhi rasa keheranan yang polos dan sedikit naif.

Pokémon: The Origin mengikuti perjalanan Red melintasi wilayah Kanto dalam upayanya menyelesaikan "Pokédex"-nya dengan menangkap dan mendokumentasikan semua Pokémon yang ada. Sepanjang perjalanan, ia akan menyadari bahwa ada hal-hal lain tentang dirinya dan tujuannya yang lebih dalam daripada yang ia bayangkan sebelumnya. Red harus menguji dirinya dan Pokémon-nya di Gym-Gym khusus yang pemimpinnya merupakan langkah menuju Liga Pokémon, agar dapat menantang Elite Four dan menjadi Juara Liga Pokémon.

Selain tujuannya untuk menjadi Juara, Red menghadapi masalah lain yang mulai muncul. Ada pihak lain yang menangkap dan melatih Pokémon untuk alasan yang lebih jahat, termasuk organisasi kriminal terkenal Team Rocket. Jika Red berhasil mengalahkan mereka, para pelatih lain, rivalnya Green, dan Pokémon liar di seluruh Kanto, ia mungkin saja dapat mewujudkan mimpinya sendiri, serta mimpi Dokter Ookido.

Catatan: Sinopsis diterjemahkan secara otomatis oleh Google Translate.