Setelah Turnamen Higaki Liga Isshu, Satoshi dan teman-temannya memulai perjalanan baru menuju 'Reruntuhan Putih' yang ditemukan oleh ayah Profesor Araragi, sebuah tempat yang terkait dengan Reshiram, seekor Pokémon yang disebut legendaris. Di sana, mereka bertemu dengan pemuda misterius bernama N, yang mengaku bisa memahami apa yang dikatakan Pokémon. Kemudian, kelompok itu terlibat dalam eksperimen menakutkan terhadap Pokémon yang dilakukan oleh Geng Plasma! Melalui karya ilmuwan misterius Achroma, bahkan Pikachu dan Kibago pun menjadi bermusuhan terhadap Satoshi dan teman-temannya!? Apa ambisi sebenarnya dari pemimpin Plasma Gang, Ghetsis, yang mengungkapkan bahwa geng tersebut telah mencari N!? Dan kemudian, trio Rocket Gang kembali ke Wilayah Isshu!! Misi mereka saat ini membuat mereka berseberangan dengan Plasma Gang... bagaimana hasil pertempuran yang akan terjadi!?

(Sumber: Siaran pers resmi; terjemahan dari PocketMonsters.net)

Catatan: Sinopsis diterjemahkan secara otomatis oleh Google Translate.